Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan gabungan dari Badan Lingkungan Hidup dan Dinas Kehutanan dan Perkebunan DIY. Pembentukan Dinas Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan implementasi dari Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah yang mengamanatkan kepada setiap pemerintah daerah untuk menyelenggarakan urusan pemerintahan wajib yang tidak berkaitan dengan pelayanan dasar, mencakup lingkungan hidup dan urusan pemerintahan pilihan yang mencakup kehutanan.

Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY berdiri mulai 1 Januari Tahun 2019 seiring dengan dinamika perkembangan dan adanya penataan kelembagaan baru Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta sesuai dengan Perda Istimewa DIY Nomor 1 Tahun 2018. Kepala Dinas LHK pasca penataan kelembagaan yaitu Ir. R.Sutarto, MP dengan masa jabatan kurang kebih 2 tahun dan terhitung mulai tanggal 01 Oktober 2020 Bapak Ir. R.Sutarto, MP memasuki masa bebas tugas. Pada November 2020 – Februari 2021 diisi oleh pejabat PLt Kepala yaitu Ir. Hananto Hadi Purnomo, M.Sc. dan pada Maret 2021 dilantik pejabat yang baru, yaitu Dr. Ir. Kuncoro Cahyo Aji, M.Si. yang secara resmi menjabat sebagai kepala Dinas LHK sampai saat ini.

Kelembagaan Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY diatur dalam Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 59 Tahun 2018 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas LHK DIY. Memiliki Unit Pelayanan Teknis (UPT) yang kelembagaannya diatur dalam Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 95 Tahun 2018 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelayanan Teknis pada Dinas LHK DIY. Dalam struktur organisasi Dinas LHK DIY, kepala Dinas membawahi 1 Sekretariat, 4 Bidang, 5 balai dan 4 jenis jabatan fungsional tertentu.